====== CONDA ======

Conda est un gestionnaire de paquets python similaire à pip, mais spécialisé dans les paquets scientifiques. En effet, un certain nombre de ces bibliothèques comportent des parties en C qu'il faut compiler, et pip n'est pas forcément à l'aise avec la chose.

===== Commandes utiles de Conda =====

<code bash>
# lister les environnement
conda info --envs

# créer et détruire un environnement
conda create -n <envs> (python=3.7.1)
conda remove -n <envs> --all  # supprimer tous les paquets de l'environnement

# activer et désactiver un environnement (WINDOWS)
activate <env>
deactivate

# activer et désactiver un environnement (LINUX)
conda activate <env>
conda deactivate

# lister les paquets installés dans un environnement (qd celui-ci est activé)
conda list

# installer/supprimer un paquet dans un environnement
conda install bokeh
conda remove bokeh

# mettre à jour tous les paquets d'un environnement
conda update --all
conda update bokeh

# Vider le cache de conda
conda clean --all   # Remove unused packages and caches
</code>


===== Configuration sous linux =====

conda, livré sous le format miniconda, propulse sa propre version d’interpréteur python. Pour ne pas pourrir sa distribution linux, il est conseillé de faire un peu attention. Eviter les export  /path-to-miniconda/bin et autres choses dans le genre, ça écraserait le lien vers le python système dans les consoles.
A la place, on peut rajouter une ligne dans bashrc : 

<code bash>
# ~/.bashrc
. /path-to-miniconda/etc/profile.d/conda.sh
</code>

Cela executera le code contenu dans le script visé, et dans notre cas activera la commande conda dans un environnement adéquat.
Note : valable si le shell est bash..

===== Conda et jupyter =====

Pour que les environnements conda soient gérables depuis l'interface jupyter (et la découverte de ceux-ci par jupyter ?), il faut installer nb_conda et nb_conda__kernels dans l'environnement base (celui d'où on execute jupyter)

<code bash>
conda activate base

conda install nb_conda
</code>

Et pour qu'un environnement soit visible dans jupyter, il faut installer dans celui-ci le packet ipykernel

<code bash>
conda activate myenv

conda install ipykernel
</code>

=== Extensions ===

Il existe des extensions sympa à jupyter, comme la Table Of Content.

Pour installer le gestionnaire d'extension :
<code bash>
conda install -c conda-forge jupyter_contrib_nbextensions
</code>